鎮不住軍方內鬥犧牲楊念祖？馬英九：對國軍批評過度
洪仲丘案促成軍審法修法速審過關，更折損了2名國防部長。對此，外界質疑，身爲三軍統帥的總統馬英九根本壓不住軍方勢力，因爲楊念祖的抄襲傳聞早就有風聲，卻還讓他成爲軍系內鬥的犧牲品。另外，更有人質疑軍審修法是爲了趕在馬出訪前通過，馬在中常會指出，外界對國軍的批評過度，企圖穩定軍心。
洪案引發一連串連鎖效應，馬總統在中常會上直指外界對國軍的批評過度，替即將上任國防部長的嚴明消弭外界對軍方的批評；畢竟楊念祖6天內下臺讓外界質疑，身爲三軍統帥的馬英九根本鎮不住軍系的內鬥，讓楊念祖（如下圖／東森新聞）成爲犧牲品。
資深媒體人黃創夏就指出，馬英九喜歡搞文宣，所以在完全不能處理的時候，他會挑最簡單的做，「所以就把楊念祖升上來，然後又可以由他最好的朋友金老師，最擅長的來包裝，文人部長什麼什麼的，以爲會過關。」
外界質疑楊念祖的論文抄襲早就有傳聞，不是有人準備看好戲，就是馬英九身邊根本沒有人選，另外，對於軍事審判法快速修法，也有人質疑是不是爲了趕在馬總統11號出訪前完成？
對於外界的質疑聲浪，馬總統則說，這樣做是爲了讓軍法體系，更能夠適應國家社會變遷的需要。選在國民黨中常會前，馬英九準備好講稿，針對外界的質疑一一做出解釋，全程嚴肅的表情直到海巡署報告時才突然迸出笑容，讓外界解讀在總統的心中是不是覺得這些紛紛擾擾已經逐步底定。